iTerm2 でプロファイルを Login shellに設定している場合、プロファイル名がログインシェルの環境変数ITERM_PROFILEに設定されているので、それを用いてシェルの設定を出し分けます。
% echo$ITERM_PROFILE Hotkey Window
自分はログイン時に screen を自動で起動するようにしているんだけど、Hotkey Windowプロファイルで起動したときは自動で起動しないようにしている。
if ["$ITERM_PROFILE"!="Hotkey Window"-a \ $SHLVL-eq1-a-x"`which screen 2>/dev/null`"];then screen -UxR fi